細(xì)胞間相互作用一直是免疫學(xué)中的熱點。免疫細(xì)胞可以吞噬靶細(xì)胞從而實現(xiàn)自我修復(fù)的功能，也可以通過受體配體結(jié)合實現(xiàn)不同細(xì)胞間的物質(zhì)交換。由于傳統(tǒng)方法無法對單個細(xì)胞成像，因此細(xì)胞間相互作用的方式一直缺乏直觀有效地證據(jù)。在2009年4月16日，David Sancho等人在Nature上發(fā)表了一篇題為“Identification of a dendritic cell receptor that couples sensing of necrosis to immunity”的文章，成功的證實了樹突狀細(xì)胞通過SKY耦合C型凝集素受體CLEC9A識別并吞噬壞死細(xì)胞，并且采用量化成像流式技術(shù)識別并量化統(tǒng)計的細(xì)胞吞噬的情況。

除了免疫細(xì)胞的吞噬之外，細(xì)胞間的相互作用還包括不同細(xì)胞通過配體受體的結(jié)合進行細(xì)胞間的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)。最常見的是獲得性免疫反應(yīng)中，T淋巴細(xì)胞與抗原遞呈細(xì)胞之間免疫突觸的形成。在正常細(xì)胞中，與免疫突觸形成相關(guān)的蛋白淋巴細(xì)胞功能相關(guān)抗原-1（LFA-1），細(xì)胞表面抗原CD3，以及F-actin均勻分布在細(xì)胞表面；而當(dāng)免疫突出形成時，這些蛋白在兩個細(xì)胞接觸的位置發(fā)生凝集。正是根據(jù)這一機制，2009年，Babak H. Hosseini等人成功的使用成像流式技術(shù)檢測到HEL多肽處理細(xì)胞可以促進免疫突觸的形成，并將科研成果發(fā)表在PNAS上。由此也證明成像流式在檢測免疫突觸形成中獨有的優(yōu)勢